Organi Centra su: Skupština, Direktor i Nadzorni odbor.

Skupština je najviši organ upravljanja Centra i čine je svi članovi.

Predsjednik Skupštine je prof dr Miodrag Romić

Zamjenik predsjednika Ksupštine je doc dr Nikolina Grbić Pavlović

Direktor je izvršni organ Centra koji se stara o sprovođenju ciljeva utvrđenih Statutom i odlukama Skupštine.
Direktora Istraživačkog centra Banja Luka je dr Gojko Pavlović.
Zamjenik direktora je Vanja Mitrović.

Nadzorni odbor vrši nadzor nad zakonitošću i namjenskim korišćenjem i raspolaganjem sredstava Centra.

Nadzorni odbor broji tri člana: predsjednik nadzorno odbora je Aleksandar Jorgić, članovi su Sonja Mitrović i Tatjana Grbić.

Počasni član Istraživačkog centra Banja Luka je prof dr LJubinko Mitrović, Ombudsman za ljudska prava BiH